Fernando Peláez nació en Madrid en 1962. Es licenciado en Biología por la Universidad Complutense de Madrid y doctor en Biología Molecular por la Universidad Autónoma de Madrid. 

En 1989 se incorporó al Centro de Investigación Básica de España (CIBE) de la empresa farmacéutica Merck, Sharp & Dohme (MSD), como responsable de un grupo de investigación en micología integrado en un proyecto de screening de productos naturales con potencial terapéutico, contribuyendo al descubrimiento de un gran número de nuevas moléculas bioactivas (una de las cuales ha llegado al mercado), y desarrollando además una intensa actividad de investigación en el campo de la ecología, taxonomía y filogenia molecular de los hongos filamentosos. En 1999 es nombrado Director del CIBE, dirigiendo un equipo de 70 personas durante 9 años. Durante este tiempo, este centro jugó además un papel clave en los proyectos de descubrimiento de fármacos en MSD a nivel internacional, mediante la implementación de ensayos in vitro para evaluar la seguridad de los candidatos a fármacos desarrollados por la empresa. 

En diciembre del 2008 se incorpora el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), como Director del Programa de Biotecnología, asumiendo la supervisión y coordinación de un departamento compuesto por nueve unidades de apoyo a la investigación cubriendo múltiples disciplinas científico-técnicas (Genómica, Proteómica, Histopatología, Anticuerpos Monoclonales, Animalario, Edición Génica en Ratón, Citometría de Flujo, Microscopía Confocal e Imagen Molecular), incluyendo entre otras funciones el cargo de Responsable Administrativo del Animalario del CNIO y la Presidencia del Comité Científico del Biobanco del CNIO. Desde octubre del 2011 es además Jefe de Gabinete de la Dirección del CNIO, con responsabilidad sobre diversas áreas relativas a la gestión del centro. Durante 2021 y 2022 fue Coordinador de la Presidencia de la alianza SOMMa de centros Severo Ochoa y unidades María de Maeztu.  

Fernando Peláez es autor o co-autor de más de 130 artículos originales de investigación, revisiones y capítulos de libros, y co-inventor de más de 40 patentes sobre moléculas naturales con actividad biológica.  

Desde 2010 es miembro del Comité de Coordinación de la Plataforma Tecnológica Española de Medicamentos Innovadores (PTEMI) de Farmaindustria, y entre junio de 2018 y febrero de 2023 fue Presidente de la Sociedad Española de Biotecnología (SEBiot).